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約翰霍普金斯大學的主校區位於馬里蘭州 巴爾的摩，是美洲大學協會的12個創始會員之一，也是全美大學聯盟的14所創始校之一。它的成功引發了美國其它大學向研究型大學轉型，其理念和模式都對後來的美國大學產生了巨大的影響並為之紛紛效仿，典型例子如芝加哥大學。

本校創建於1876年1月22日，其創建人與主要捐資人，為巴爾的摩銀行家、貴格會教徒 約翰斯·霍普金斯（Johns Hopkins）命名。1873年約翰斯·霍普金斯去世，遵照其遺囑，身後大約七百萬美元(相當於2006年的16億美元）的遺產被分成均等的兩份，分別捐贈給約翰霍普金斯大學和約翰霍普金斯醫院。這在當時的美國成為有史以來最大的一筆慈善捐贈。創始人希望摒棄美式學院的陳規舊制，仿照威廉·洪堡等人所倡導的德國大學模式，打造一所專注於擴展知識、研究生教育和鼓勵研究風氣的新式研究型大學。

2019年末，約翰霍普金斯大學的冠狀病毒資源中心（Coronavirus Resource Center）開始透過收集來自全球數百個來源的數據來追蹤2020年的嚴重特殊傳染性肺炎疫情全球病例，成為有關各國疫情引用最多的來源之一。

霍普金斯大學在美國乃至世界高等教育發展史中做出了許多開創性的貢獻。

1878年開辦約翰霍普金斯大學出版社是美國現今仍然運作的歷史最悠久的大學出版社；1889年建立了全美最早的護理學院之一；1909年大學首倡成人教育；1916年，大學創辦全美第一所公共衛生學院；1950年和1977年，高級國際研究學院（SAIS）和皮博迪學院分別併入霍普金斯大學進行了雄心勃勃的擴建計劃，並且與華盛頓建立了進一步緊密聯繫。

霍普金斯大學的學術威望和校友關係，為學生爭取在著名實驗室、醫院、公司和政府機構的科研和實習機會，使他們儘早了解現實世界對他們的期望所在，同時又為學生們發揮潛能創造理想的條件，就讀的本科學生也時常可以享受到其醫學院、公共衛生學院、商學院及國際關係學院的各項資源。